宋元符三年（1100），宋徽宗赵佶登基做了皇帝，大赦天下。当时被贬官到昌化军（今海南省儋县）的大文豪苏东坡获准北归，来到广州城，和子孙家人团聚，寓居在天庆观（故址在今海珠北路祝寿巷南侧一带，前身是唐代时的开元寺，是间道观），那里离净慧寺（今六榕寺）甚近。
    一天，广州安抚使程怀立等官吏在净慧寺设宴为苏东坡洗尘，并一同登上千佛塔观光。苏东坡看到塔畔环植有六株老榕树，婆娑如盖，古翠浓荫，心中甚是喜爱。寺僧道综见他高兴，便请他为寺题额，苏东坡欣然命笔，题写了“六榕”二字。笔气厚重雍容、丰腴跌宕。中国书法中颜、柳、欧、苏四体甚为出名，这“六榕”二字可谓苏体中一幅难得的墨宝。后来寺僧便将这二字额于山门，并加刻石。不过今天藏在六榕寺中的“六榕”刻石是清代时翻刻的，并非当时的原石。据清嘉庆二十三年（1818）立于六榕寺补榕亭侧的《王文诰监摹苏轼六榕题字并跋》碑的记载：苏东坡于宋绍圣元年（1094）被贬后，曾数次游广州，元符三年（1100）九月，又偕其子苏迨到广州。广州安抚使程怀立等迎接，设宴款待，在净慧寺游览，即席手书“六榕”寺榜。寺榜从元符三年至清嘉庆年间，屡经雕漆，后为防题款损坏，乃将字摹刻在石上，以传真迹。民国九年（1920），该手迹再次摹刻。“文化大革命”后，又据石榜刻为木榜，悬于寺门。
    因了苏东坡的题字，净慧寺后来遂改名为六榕寺，千佛塔也随之改名为六榕塔。至于何时改名，史志记载不一。

    清乾隆《南海县志》载：“永乐九年，复还本寺，匾曰‘六榕’。广人呼为‘花塔寺’。”据此记载，既然“匾曰‘六榕’”，那当在明成祖永乐九年（1411）改名为六榕寺。
    清道光二年（1822）王文浩撰《重建广州净慧禅寺觉皇殿即祀鲁般神记》称：“广州净慧寺轫自梁大同三年，昙裕法师奉武帝命建塔开山，初号宝庄严寺，至宋端拱二年（989），始改今额。”这里所说的“今额”不可能是“六榕寺”，因为宋端拱二年时苏东坡还未来广州，故只能是“净慧寺”，据此记载，清道光时此寺挂匾额是净慧寺，通称仍为净慧寺，而非六榕寺。

    民国二十四年（1935）《重修六榕寺花塔记》载：“自宋元以迄明清，凡重修寺塔碑记，悉称净慧寺千佛塔。光绪元年，广东巡抚张兆栋撰碑记修塔事，始称曰六榕寺佛塔。所谓六榕者，以东坡于元符三年游寺，见环塔古榕六株，因题是额，寺僧特为镌石以傍诸门，遂成今名。清兵入粤，八旗汉军环寺驻防，旗俗称六榕寺为花塔庙，由是联缀乃有六榕寺花塔之称。”据此记载，清初八旗军俗称六榕寺为花塔庙，称千佛塔为六榕寺花塔。到清光绪元年（1875），千佛塔才始称六榕寺佛塔。
    依上引文献记载，自明成祖永乐九年（1411）起，今天的六榕寺应是一直挂着“六榕”匾额，但到清代道光年前时，已挂回了“净慧”匾额。到光绪年前，可能又挂回“六榕”匾额，而在官方与民间的称谓中，“净慧”与“六榕”两寺名是并存的，一直延至民国。民国时在六榕寺东侧今广东迎宾馆地建公园，就称净慧公园而没有称六榕公园（当时六榕寺是挂着“六榕”匾额的，这有照片为证），可为佐证。
    直至今天，苏轼题写的“六榕”匾额仍悬挂在寺门上。
    不过苏东坡当年所见的那六棵老榕树早已不存在了，今天寺内有菩提树和榕树，那是后人补种的，故此才建有“补榕亭”。今天六榕寺门前仍挂着过去的一副对联，上联是“一塔有碑留博士”，那是纪念唐初大文学家王勃的，因为他撰写了《广州宝庄严寺舍利塔记》；而下联“六榕无树记东坡”，便是指上面讲的这段掌故了。
    过去六榕寺左边还曾建有东坡亭，两边亭柱挂一副对联，也是纪念苏东坡为六榕寺题额这件事的，联曰：
    请看两字大书，鸿飞去后痕留雪；
    想见六榕当日，莺乱啼时叶满庭。
    古六榕早没有了，这个东坡亭也早没有了，联中所写的情景，只可供后人追思。
    清代中期六榕寺还有一联，为内阁学士（当时文臣中之最高官位）翁方纲所题，联曰：
     墨妙隐榕根，岁久又从苍壁见；
    浮光泛仙掌，夜深时有画船来。（“浮”字亦有写作“波”字）
    翁学士位高权重，又是当时名满天下的书法家，但他所题此联，却远不及今天挂在寺门前的“一塔有碑留博士，六榕无树记东坡”联出名，知之者甚少。
    除“六榕”二字外，苏东坡还在六榕寺留下另一幅墨宝，那就是竖在今天补榕亭旁边的那块《证道歌》碑。此碑两面刻字，笔法苍劲圆逸，专家考证是苏东坡的手迹，刻碑时间是北宋绍圣三年（1096）。此碑后来破碎。清乾隆三十五年（1770），把碎碑合成一石。其正面额刻有“皇宋广州重开永嘉”八个古篆体字，似乎还未写完，且缺碑题，至于是何缘故，不得而知。碑背面有楷书“证道歌碑”四字。此碑到清代时，碑文已是漫漶不全，苏体书法的神韵也丧失殆尽。到今天更是仅存百余字而已，并难辨认。幸好清代人周韵生所编《广东考古辑要·金石一》载录有《证道歌》全文，《六榕寺志》亦录有全文。这篇佛门中的名文为唐代高僧、温州永嘉玄觉禅师所著，据传此高僧姓戴。少年出家，博贯三藏。后谒六祖惠能，留一宿而去，时谓“一宿觉”。《证道歌》乃七言诗歌，以通俗的语言宣扬佛教，提出做一个“本源自性天真佛”，颇合中国禅宗的佛性论（全诗颇长，为省篇幅，不录）。相传此文在佛教发源地天竺（古印度）被称为《东土大乘经》，可见其极受尊崇。而《证道歌碑》则是考证广东佛教史和书法史的一件很有价值的实物史料。
    此外，今天六榕寺碑廊内还陈列有一件纪念苏东坡的古物：《苏文忠公笠屐像》石刻（“文忠”是苏东坡的谥号）。上面刻着东坡像，头戴竹笠，足登木屐。有关这件石刻，在过去广州民间流传着一个有趣的故事，相传是这样的：
    话说有一天苏东坡去探访朋友，途中突然下起大雨来，他就躲进一户农家去避雨。农家看他走了半天路，一定肚饿了，便拿出红番薯来招待他。苏东坡虽是个朝廷命官，又是个天下闻名的大学士，但他没有架子，吃红番薯吃得津津有味。饭后，天仍下着细雨，道路非常泥泞难走，农家见苏东坡要继续赶路，就拿出一顶竹笠和一双木屐给他。苏东坡道过谢，戴上竹笠，穿上木屐，便出门去。但他这个大官人，平时穿不惯木屐，这时泥路又烂又滑，故走起来东歪西倒的十分狼狈。乡民和村童见了，不觉都嘻嘻哈哈地大笑起来。有妇人小童还跟在他后面取笑，又有几只狗对着他吠。苏东坡见了，并不介意，还自我解嘲道：“你们笑，是因为你们觉得怪啊；狗吠，也是因为觉得怪啊。”同时心中暗叫惭愧：自己空有那么大的名气，原来穿起木屐来连个小村童都不如。
    走了好一段路，苏东坡糊里糊涂的走进了一大片竹林中，东拐西转，眼看天都快要黑了，竟怎样都转不出竹林。正在心中焦急，猛然看见有个牧童赶着牛走过来，便急忙迎上去打躬作揖，请教如何才能走出竹林回家去。这时牧童心中也奇怪着，怎么这个老学士只在竹丛中乱打转呢？一听才知他迷了路，便指点他怎样走。于是苏东坡顺着一条牛屎路，走了不长的一段路便出了竹林了。这天的事叫他很感慨，以后常跟人提起，说自己身为朝廷命官，又算个有名的文士，来到乡下却连个村童都不如。
    相传自此以后，苏东坡跟老百姓的感情就越来越深，下雨天时还特别喜欢戴竹笠，穿木屐。大家见他这样，对他也就格外亲切。后来有人为他画了这个戴竹笠、穿木屐的像。苏东坡去世后，人们缅怀他的美德，就刻了这块《苏文忠公笠屐像》的石碑，并竖在六榕寺内以作纪念。
    其实，这“苏文忠公笠屐图”石刻在广东是还有好几件的，如在惠州白鹤峰的东坡祠、海南省儋县的载酒堂内都有，而后者的刻石题名稍有不同，为《坡仙笠屐图》，把苏东坡视为仙人了，画的就是同一题材。明代学者宋濂在这《坡仙笠屐图》碑石上还有这样的题记，记载了一个跟上面所讲的故事大同小异的故事，文曰（括号文字为笔者所加注释）：
    东坡在儋耳（今海南省儋县）。一日，访黎子云，途中遇雨，从农家假（借）笠屐着归（回家），妇人、小儿相随争笑，群犬争吠。东坡曰：“笑，所怪也，吠，所怪也。”觉坡仙潇洒出尘之致。数百年后，犹可想见。
    据《广州府志》载：“净慧寺……绍圣间，苏轼至，颜曰‘六榕’，内有潇洒轩。”可知宋代时净慧寺内有潇洒轩这一胜迹，可惜确切位置不详。